Quel comando l'ho utilizzato un'infinità di volte, e salvo che la legge di murphy che non ci metta lo zampino, su partizioni ext2/ext3 ha sempre lavorato correttamente.
Credo che la spiegazione sia perché inizialmente non hai dato il nome del file nel quale scrivere l'output dello script.
Nel comando va sempre indicato la destinazione “> rootfs.gz” o in alternativa un percorso che vuoi tu “patchtofile/rootfs.gz” senza di quello penso che carica solo in ram e quasi sicuramente il kernel si è ritrovato senza più spazio per lavorare.
Se continui ad avere problemi indicami quale live usi, così posso verificarlo pure io.